KGMLReaderがPluginManagerからインストールできるようになりました

Cytoscape

KGMLReaderがCytoscapeのPlugin Managerからインストールできるようになりました。
KGMLReaderはKEGG PathwayのXML表現であるKGMLをCytoscapeにimportするプラグインです。


import結果は上記画像のような見栄えになります。
importの方法は

  1. importしたいkgmlをダウンロード後、そのkgmlファイルを指定する
  2. ブラウザでimportしたい画像を表示後、その画像をCytoscapeのウインドウにdrag and dropする

の2通りあります。

importしたいkgmlをダウンロード後、そのkgmlファイルを指定する場合

ftp://ftp.genome.jp/pub/kegg/xml/
からご希望のkgmlをダウンロード後、メニューバーの File -> Import -> Networkからkgmlファイルを指定してください。
この方法の場合、複数のkgmlをバッチimportすることも可能です。

ブラウザでimportしたい画像を表示後その画像をCytoscapeのウインドウにdrag and dropする場合

  1. まずメニューバーのPlugins -> KEGG Browser -> Open KEGG BrowserからブラウザでKEGG PathwayのBRITE hierarchyを開いてください。
  2. BRITE hierarchyからimportしたいパスウェイを選択、クリックします
  3. 次にimportしたいorganismをdrop down menuから指定します
  4. EC番号が色付けされたpathway画像をCytoscapeのnetwork view以外の部分にdrag and dropします。

<注記>
このエントリを書いていてPluginメニュー直下のKEGG BrowserというのはKGML Readerに変更した方がよいように感じたのでいずれ変わると思います

加えて注意して頂きたいとして
「KEGG Pathway画像と異なり各organismでKOがついていないノードに対してはedgeを作らないようにしていること」
があります。

他の機能については追々書いていこうと思います。
バグ、ご要望ございましたら@kozo2宛にreply頂ければ幸いです。