ターミナルマルチプレクサ Advent Calendar 2011の23日目でございやす。 すいやせん、日またぎ遅刻しやした。tmuxはscreenと比べると設定をあまりせずとも便利に使えるのがいいところですが、screenから乗り換えた際にどうしても不便に感じるのがactiveなwin…

Vim Advent Calendar の13日目です。最初はVimFilerのいいところをEmacsのdiredと比較し書くだけにしようと思っていたのですが、その前に痛いニュースのネタまとめに出たらしい「Vimと過ごすイチャラブクリスマス ~そして伝説へ~」が実は痛くない、というか…

PyPy Advent Calendar 12日目です。 タイトル通りのことを徒然なるままに書きます。 スパコンアーキテクチャ無知のど素人です。 バイオインフォマティクスをやってるつもりです。 PyPyがどういうものかはこれまでのPyPy Advent Calendar筆者の方々の記事をお…

ターミナルマルチプレクサ Advent Calendarの2日目です。 1日目は id:tmatsuu さんの ターミナルマルチプレクサ Advent Calendar始めました＆インストールでした。今日はtmuxのjoin-paneというpaneに関するコマンドについて説明します。 これはバージョン1.2…

bash的に環境変数を設定する方法でジョブを投げるとエラーになってなんでやろ、と思ってると研究員の方が「なんかジョブ中ではcshになってるみたい」と教えてもらった。SGEのsubmission script中では #! /bin/bash と書いていたのだがどうも #$ -S /bin/bash…

installation sudo aptitude install mercurial git mercurial-git vim ~/.hgrc.hgrc [extensions] hgext.bookmarks = hgext.git =commands mkdir gitrepos mkdir hgrepos cd gitrepos git init --bare --shared repo_you_wanna_push_from_hg.git cd ../hgre…

Emacs Advent Calendar jp: 2010の23日目です。 昨日22日目はanything-gist, py-doc-popup, auto-complete-acr, ess-R-object-popupなどの作者@myuheさんでした。統合執筆環境 org-mode (Emacs Advent Calendar 22日目) 基本的なキーバインドも変えてみよう …

このエントリは漢直 Advent Calendarの2日目です。タイトルの通り気軽にT-codeを覚える方法を提案してみます。 ステップ毎にまとめると Emacsにtc2をsetupすることから始めようとしない eelll/JSを使ってひらがな、カタカナを覚える 漢直Padと各OSのT-codeイ…

先週国内向けBioHackathonに参加しました。 bioinfoでtracを使っている、またはこれから使おうとしている人達は結構いるみたいです。 なのでさらっとtrac(0.12)のインストール方法を書いてみました。 最大多数の最大幸福ということでubuntuに入れました。 tr…

twitterで@kohskeさんから教えて頂いたことを紹介します。例えば下記のようなdata frameがあったとします。 ... OBS1 OBS2 OBS3 OBS4 SAMPLE1 34 12 32 23 SAMPLE2 234 21 23 42 SAMPLE3 20 22 34 1 私はこのようなデータに対し要素の大きいものから順に行、…

Gentoo勉強会を一月ほど前にやっていました。 遅まきながらまとめます。最初は@mkamotsuさんと@naota344さんに話してもらい その後はかなりありそげな環境(Windows7+Virtualbox)にx86のGentooを教えてもらいながら入れるつうのをやってました。 そのインスコ…

今のところ私は以下の設定にしています。 (set-face-attribute 'default nil :family "Consolas" :height 120) (set-fontset-font nil 'japanese-jisx0208 (font-spec :family "ＭＳ ゴシック")) (setq face-font-rescale-alist '((".*Consolas.*" . 1.0) ("…

いままでRのreorderをわかっていなかったアンドあまり記事がないようなので(みんな知ってるからかも...)これについて書いてみます。 この関数はfactorの並び(boxplotの時に横軸にすることがまず思い浮かびます)を変えたい時に使うもののようなのですが、なぜ…

ESSを読む会というのを企画したので、これに向けてちょこちょこ書いてみます。 とりあえずソースの取得とタグを作ってどんなのがあるか見てみます。 ソースの取得 cd mkdir projects cd projects svn checkout https://svn.r-project.org/ESS/trunk ESS タグ…

KGMLReaderがCytoscapeのPlugin Managerからインストールできるようになりました。 KGMLReaderはKEGG PathwayのXML表現であるKGMLをCytoscapeにimportするプラグインです。 import結果は上記画像のような見栄えになります。 importの方法は importしたいkgml…

Python自習室に行って、Arduinoをはじめようキットでいろいろ教わったりした。 これは一番右の緑のLEDだけチカチカさせて左2個はつけっ放しにするもの。 最初は抵抗つけずにやっててそれだとまずいと教えてもらった。 3つの抵抗は1kΩので http://arduino.cc/…

最終日は開発者(といってもTreyもGaryもいます)で今後Ver3に移る上でどうしていくか?ということのコンセンサスを確認してる感じでした。 ver3移行に関してMaven, OSGi, SpringDMの難しさをどうするか 議題は下記に列挙するようなもので OSGiの難しさをplugin…

二日目の午後にポスター発表があり、僕も出しました。 そのポスターはこんな感じです。Cytoscape Retreat 2010 Poster 基本的にPlugin Demonstrationsで発表していた人達がそのままPosterを出していた感じなのですがPlugin Demonstrationsで発表していない人…

Cytoscape retreatのPlugin Demonstrationsで発表してきたのでまとめます。自分は3番手でKEGG Pathwayのxml形式であるkgmlをCytoscapeにインポートするプラグインについて発表しました。 やはりKEGGのデータがCytoscapeで使えるというのはユーザにとってかな…

二日目は有名人の方々による講演の日でした。 Leroy Hood, Charles Boone, Mark Newmanらに加え幅広い分野の方々らによる講演がありました。 Leroy Hood もっとも有名な方かもしれません。話の内容がちょっと自分とはかけはなれた感じがあって詳細は実感でき…

ミシガン大学で行われているCytoscapeの会議Cytoscape retreat 2010に来ています。 その模様をまとめます。 1日目はプラグインのデモが主でした。私も発表させて頂いたのですがまずは私以外の方の発表についてまとめます。 Analyzing biological networks wi…

twitterで @1VQ9 さんから教えて頂いたのですが確かに.....というわけでMacTeXを使いましょう。 omake, git, wgetといったところをhomebrewで入れてみたのですがなかなかいい感じでおすすめできます。[追記] しかしMacTeXをそのまま入れると/usr/local/libに…

松尾さんがpython2.6のままで使う方法について説明してくれてますが... Ubuntu 10.04 で appengine 環境構築メモ python2.5のインストール app engine sdk のダウンロード、解凍、PATH通す kay-frameworkのダウンロード、解凍 python2.5 kay-0.8.0/manage.py…

launchpadにあるらしいがソースから入れてみよう。 sudo aptitude install libsqlite3-dev(_sqlite3.soのため) libssl-dev(_ssl.soのため) g++ tcl-dev tk-dev(python2.5自体のため) python2.5.5をダウンロード、展開、./configure Modules/Setupを編集 SSL=…

depends on libevent 1.4 and a terminfo implementation (normally ncurses) となっているので以下が必要ぽい sudo aptitude install libevent-dev sudo aptitude install libncurses5-devで ./configure make sudo make installですかね

4/29 にVim勉強会#7を開催しました。 @thincaさんと@kana1さんの下記 Vim script を紹介しました。 ref quickrun smartchr submode installについて shellで cd mkdir projects cd projects git clone http://github.com/thinca/vim-ref.git git clone http:…

アカウント名を統一するためにここに移動してきました。よろしく。 最近@naota344君の薫陶を受けて日本語入力をtcodeでやろうと思っています。 そんなわけでMacUIMでtcode入力するための設定(とりあえず部首合成変換ができる段階まで、交ぜ書きはまだ)を紹介…