Cytoscape
KGMLReaderがCytoscapeのPlugin Managerからインストールできるようになりました。 KGMLReaderはKEGG PathwayのXML表現であるKGMLをCytoscapeにimportするプラグインです。 import結果は上記画像のような見栄えになります。 importの方法は importしたいkgml…
最終日は開発者(といってもTreyもGaryもいます)で今後Ver3に移る上でどうしていくか?ということのコンセンサスを確認してる感じでした。 ver3移行に関してMaven, OSGi, SpringDMの難しさをどうするか 議題は下記に列挙するようなもので OSGiの難しさをplugin…
二日目の午後にポスター発表があり、僕も出しました。 そのポスターはこんな感じです。Cytoscape Retreat 2010 Poster 基本的にPlugin Demonstrationsで発表していた人達がそのままPosterを出していた感じなのですがPlugin Demonstrationsで発表していない人…
Cytoscape retreatのPlugin Demonstrationsで発表してきたのでまとめます。自分は3番手でKEGG Pathwayのxml形式であるkgmlをCytoscapeにインポートするプラグインについて発表しました。 やはりKEGGのデータがCytoscapeで使えるというのはユーザにとってかな…
二日目は有名人の方々による講演の日でした。 Leroy Hood, Charles Boone, Mark Newmanらに加え幅広い分野の方々らによる講演がありました。 Leroy Hood もっとも有名な方かもしれません。話の内容がちょっと自分とはかけはなれた感じがあって詳細は実感でき…
ミシガン大学で行われているCytoscapeの会議Cytoscape retreat 2010に来ています。 その模様をまとめます。 1日目はプラグインのデモが主でした。私も発表させて頂いたのですがまずは私以外の方の発表についてまとめます。 Analyzing biological networks wi…
