Cytoscape retreat 2010 一日目(自分以外)
ミシガン大学で行われているCytoscapeの会議Cytoscape retreat 2010に来ています。
その模様をまとめます。
1日目はプラグインのデモが主でした。私も発表させて頂いたのですがまずは私以外の方の発表についてまとめます。
Analyzing biological networks with CentiScaPe
中心性解析をやってくれるプラグインです。このネットワークのトポロジーと生物学的な情報との関連を見出そうとすることはかなりベタによくやられることでそのトポロジー指標となる様々なCentralityを計算、プロットまでやってくれるプラグインです。
Web service client and server for phosphositeplus database
Cell signaling technologyという会社が運営しているphosphositeplusというリン酸化サイト情報を集めたデータベースのクライアントプラグインの紹介。
自分の発表がこの後で極度に上がっていたため、ネットワークビューの形式や詳しい情報を聞く余裕はありませんでした。プラグインは
http://www.phosphosite.org/staticDownloads.do
からダウンロードできます。
発表者のSashaにドキュメントとかないの？と聞いたのですが「ない」とのことでした。
「まだおかしいところもあるかもしれないからおかしいところがあったらいってほしい」とも言っていました。
CID
Cross-species Interactome DatabaseでCIDらしいです。
これを使ってAgingに関するPathwayのinferができたといったようなことを言っていたようです。
やってること的にはorthoMCLとGOの情報からPathway予測をする、という結構よくやられてそうなことをやっているようでした。
下記のあたりを勉強するといいようです。
http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0000988
Metscape
HUMDB, EHMN, KEGGからhumanの化合物情報を集めて作ったデータベース用のクライアントプラグイン。
ユーザが希望する化合物のリストを入力するとその化合物が関わる代謝反応がネットワークとして生成されます。このネットワークをパスウェイ名などでフィルタをかけたり、簡単なexpressionのマッピングを行うプラグインです。NCIBIが作っています。
PanGIA
UCSDのIdeker labが作っています。
もうちょっと下記のあたりを勉強してから書かせてください。
http://www.ploscompbiol.org/article/info:doi/10.1371/journal.pcbi.1000065
http://www.plosgenetics.org/article/info:doi/10.1371/journal.pgen.1000782
(追記)
多分PanGIAは他のとレベルが違うと思います。かなり難しい。また自分でbuildしないと.jarを入手できないかもしれません。
Ortho-nets
iRefindexのPPI情報を使って複数のorganismでドメインが共通に存在するものでフィルタをかけてくれるプラグインです。
http://wodaklab.org/orthonets/
OndexView
majorどころの情報を集めてtripleのネットワークを作ってくれるプラグインのようです。
要するに「酵素Aが」(ノード)「catalyzeする」(エッジ)「反応Bを」(ノード)みたいなのの集合ネットワークを作ってからユーザ所望のフィルタをかけて出力する、とそういう感じのようです。
http://www.ondex.org/
Genemania
Bader labの遺伝子機能予測ソフト
http://www.genemania.org/search.jsf
http://www.genemania.org/plugin
Genemaniaのアルゴリズム自体はGenome biologyでpublishされておりそれをCytoscapeで使えるようにしたものです
http://genomebiology.com/2008/9/S1/S4
Enrichment Map
これも下記のを勉強してから書かせてください。
(追記)
GSEAは必ず理解してプラグインとして実装する概要がわかっていないといけないことなので後でかならず詳細書きます。
http://bib.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/9/3/189?etoc
MiMI plugin
NCIBIのデータベースMiMIのクライアントプラグイン
GLay GSearcher
Gangさんが開発したLayout、SearcherプラグインだからGLay, GSearcher.
彼はすでに過去にSoCプロジェクトに選ばれた経験があり、ゴリゴリのプログラマータイプらしいです。
たしかにかなりプログラミング能力がないとできないようなJNI,C++といったあたりを使ってCytoscapeからigraphのレイアウトアルゴリズムを叩いているようです。(ただそのせいでWindowsオンリーらしいです。)
Searcherは正規表現や複数のアトリビュートにまたがるような柔軟な検索というかフィルターを実現してくれるようです。
以上の模様はid:keionoさんがustreamに録画してくださったものを見ることができます。
