Cytoscape retreat 2010 二日目
二日目は有名人の方々による講演の日でした。
Leroy Hood, Charles Boone, Mark Newmanらに加え幅広い分野の方々らによる講演がありました。
Leroy Hood
もっとも有名な方かもしれません。話の内容がちょっと自分とはかけはなれた感じがあって詳細は実感できませんでしたが下記に列挙するようなことを話されていました。何かいろいろやってる感じです。
- ISBの取り組みの概要
- 9種マウスの時系列brain transcriptomeの解析
- 新種のプリオン病Phenotypeに関わるDEGの同定
- brain transcriptome実験のnetwork-dynamics解析
- organ-specific blood fingerprints(多分血を採ってそれのproteome解析、organismは忘れちゃいました、すみません)
- Miller's syndrome children の Recombinational Genome Map(多分SNP解析)
Charles Boone
有名な論文「The genetic landscape of a cell」に関する講演でした。僕にとっては最も面白かったです。論文に書かれていないようなことも聞けてよかったです。SGAがどのようなものかそしてgenetic interaction networkについて全くわかっていませんでした(けれども実験系の人でないとなかなか実感しにくいことも結構あるような気がします)
- 5000 viable mutants (yeast)
- genetic interactionについて (実験や、synthetic lethal scoring program等について)
- 膨大なdouble knockout mutant collection(ロボットを使ったプレート管理など)
- conditional essential genes (two-three-four or more)
論文
The Genetic Landscape of a Cell
Global Mapping of the Yeast Genetic Interaction Network
Systematic Genetic Analysis with Ordered Arrays of Yeast Deletion Mutants
Genetic interactionというのは定義があまり明確じゃないのではないでしょうか。
また解釈も定量化もなかなか難しいのではないでしょうか。
下記の論文をしっかり読みます。
Defining genetic interaction
Mark Newman
事前には期待していたのですが実際にはあまりピンときませんでした。
理由は概念的であまりbiology的ではなかったこと、あと正直言って英語内容をほとんど理解できなかったからです。
(彼は結構ジョークを飛ばしたりする方であり、またかなり早口な方だと思います。)
内容は解釈が間違ってなければ感染症拡大のシミュレーションをネットワーク的観点から行っていたように思います。
論文
Modularity and community structure in networks
を理解できるようになって出直します...
Eric Neuman
彼は会社の人のようで治験関連のデータをRDFで管理しており、そこからのデータ抽出とネットワーク可視化にCytoscapeを選んだということでいろいろ話をされてました。
多分そのCytoscapeプラグイン自体は公開されていないと思います。
ある疾患に関するデータ抽出の仕方とかを挙げてましたがSPARQLをそのまま書いていたりしていたので、もし公開されていたとしても普通のユーザが使えるものじゃないように思います。
おそらく製薬企業系の膨大なデータから必要な情報を抽出するような場合にはSemantic web関連の技術が生きてくるということを話していたのでしょうが如何せん僕がそういったことに無知なため理解できず、ここに再現、説明することができません。申し訳ありません...
Edward Rietman
Marc Vidal関連のnetwork biology研究を浅く列挙していただけのように思い、あまり興味が持てませんでした。(個人の見解です。また失礼な言い方かもしれません...)
正直これ以降の講演はほとんど集中できませんでした。(時差その他で昼後半あたりからかなり眠くて...)
Nevan Kroganは講演キャンセルでした。
尻切れトンボですがお許しください。
