Cytoscape retreat 2010 三日最終日
最終日は開発者(といってもTreyもGaryもいます)で今後Ver3に移る上でどうしていくか?ということのコンセンサスを確認してる感じでした。
ver3移行に関してMaven, OSGi, SpringDMの難しさをどうするか
議題は下記に列挙するようなもので
これの答えとして(UCSDの方々が?)CyShimというクッションになるようなプラグインを用意してくれました。
これを使うと no knowledge of Maven, OSGi, SpringDM necessary でプラグイン書けるよ、ということをMikeがデモしてくれました。限界もあるらしいですけど確かにMaven, OSGi, SpringDMの知識を隠蔽してました。
結論として、「これでいいじゃないか」ということでまとまってました。
けれど僕はある程度Maven, OSGi, SpringDMの開発を経験させてもらっており、これは2系にこだわり続ける人ができないことをできるadvanceだと意識しました。「使っていかないともったいない」と。
なので、そこらへん狙ってCytoscape3でのプラグイン作成を今後やりたいな、と思ってはいます。(それが続けれる居場所見つかってませんけど...)
TreyによるRAVIN(national Resource for Analysis Visualization and Integration of Networks)の今後について
どうもNCRRというところからFundをとったということぽくて、これからのUCSD, UCSF, Toronto, Pasteurの協業体制をどうするかとか、アウトリーチ活動をどうしていくかとか話してたように思います。(英語解釈間違ってたらすみません)
その他雑多な議論
GaryがUIについて議論
- アトリビュート読み込んでもチェック入れないと表示されないからわかりにくいね
- ネットワークの操作のUIを一回クリックしてから操作を選ぶUIにしようか
Mikeの2.8の新機能紹介
CytoscapeのWebsiteをもっとよくしよう
- Website solutions (very user focused) [What do you want to do?]
- Appstore website みたいなのでpluginを提供しよう(as rich as cytoscape.org) [eclipseのmarket priceみたいのでプラグインを提案]
- Community QandA site [stack overflowみたいの]
そもそもユーザの使い方ってどんなんだろねみたいなことを話してました。
基本的なことですけどこういう話をTreyとかGaryクラスの人とかと、年齢も高い低い関係なく同じ目線で話しあえるってことが日本ではないような気がします。
こういうのは見習うべきと思います。
締め
長々と書いてきたCytoscape retreatのレポートもこれで終わりにします。
非常に勉強になり、楽しかったです。
支援してくれているGoogle summer of code
KGMLやTogoWSでお世話になっている片山俊明さん、中尾光輝さん
KGMLReaderのきっかけになったBiohackathon2010
そしていつもお世話になっているUCSDの大野圭一朗さんに感謝します。
ありがとうございました。
