Cytoscape retreat 2010 二日目(ポスター発表)
二日目の午後にポスター発表があり、僕も出しました。
そのポスターはこんな感じです。
基本的にPlugin Demonstrationsで発表していた人達がそのままPosterを出していた感じなのですがPlugin Demonstrationsで発表していない人のうち興味を引かれたものがひとつあったので紹介します。
(といってもPosterは僕がもってないので見せれませんが)
それはHOPE COLLEGEのMATT DEJONGHと彼のもとの学生さん(undergraduateの人と高校生でした)によるsummer projectで「MODEL SEEDの結果とKGMLReaderのネットワークを統合して表示する」というものでした。
MODEL SEEDは下記のURLから見れます。
http://seed-viewer.theseed.org/seedviewer.cgi?page=ModelView
おそらくこれはSEEDがもつデータすべての種(というかRAST Serverにあるデータすべて)に対してオートマでgenome-scale metabolic modelを作ってくれるというものです。
今まで枯草菌のiBSU1103とかでやってたのを他の種全部ででも計算できるようにした、という認識でいいんじゃないでしょうか。
おそらく彼らはこのmetabolic modelで導き出したreactionをできるだけKEGGと照合をとり、KEGGとマッチさせれるものに関してはKEGGのbeautifulなレイアウトにのせ、それ以外のSEEDのみの情報も付け加えるということをやろうとしていたんだと思います。(CytoscapeへのKEGG Pathwayデータの取り込みにはKGMLReaderを使っていました。)
SEEDは最近Network-based SEED APIというものも発表、論文化しており、自分もSEEDとKEGGのデータ統合には非常に興味があります。彼らのように僕も楽しんで研究したいもんです。
