Cytoscape retreat 2010 一日目(自分の発表)
Cytoscape retreatのPlugin Demonstrationsで発表してきたのでまとめます。
自分は3番手でKEGG Pathwayのxml形式であるkgmlをCytoscapeにインポートするプラグインについて発表しました。
やはりKEGGのデータがCytoscapeで使えるというのはユーザにとってかなりうれしいようで結構注目してもらえたように思います。
スライドはこんな感じです。
Cytoscape retreat 2010_demo
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ustreamで録画して頂いたのはこちらです。(3番手なので30分あたりからじゃないでしょうか)
発表後に受けた質問の内容は下記のようなものだったと思います
- expression profileじゃなくてcompoundにmass profileをマップしたいんだけど可能かな?
- mass profileをマップする場合、同じpathway中に同じcompoundが違う箇所に出てくるけどどうすればいいかな?
なので
- 可能です
- Cytoscape中ではKEGGと同じくcompoundノードを異なるノードとして扱っているので、compoundのKEGG entry_idをキーにして同じentry_idの複数のcompoundノードすべてに対し同じmass profileのcustom node graphics URLをアトリビュートとして付けてください
というべきだったのですが、言えず id:keiono さんに助け舟出してもらってるというザマでした。
申し訳ないです...
具体的な使い方はKGMLReaderプロジェクトのページ
http://code.google.com/p/kgmlreader
に書いていきますが、基本的にはkgmlを
ftp://ftp.genome.jp/pub/kegg/xml/kgml/metabolic/
からダウンロードしてもらって(今の所metabolicしかサポートしていません)
Cytoscapeのimportの対象にインポートしたいpathwayのxmlを指定してしてもらうか
ブラウザでインポートしたいKEGGのpathway画像を表示してもらってその画像をCytoscapeのnetwork view以外の部分にdrag and drop してもらえればインポートできます。
またGoogle Chart Tools を使ったcustom node graphicsを使用したい方はCytoscape2.8を自分でbuildする必要があります。
かなり不親切ですけど大体の流れはscreen castにしていますんで、とりあえずはこれで許してください。
global mapのimport結果でTCAのとこが切れたりしてますが、これはxml中にこのエッジ情報がないからです。
(ここらへん自分でパッチをあてるようなことをしないといけないのかな、と考えてたりしてますができればデータ側の方で助けて頂くことはお願いできないでしょうか...とは思っています。)
もっとここいらへん詳しく説明してよ、というご要望があれば@kozo2に対してつぶやいてください。
